功能
1:对从GEO数据库中下载的基因芯片实验数据进行处理
- 数据处理:log2转换、数据正则化、探针与基因ID的转换
- 可视化:聚类分析、PCA分析
2:使用LIMMA分析,确定在不同分组中表达量具有显著差异的基因
3:对差异基因进行通道分析
注意
1:暂时无法支持全部GEO数据与GPL平台数据,敬请谅解。
2:请在重新下载数据前点击按钮刷新界面,或重新启动程序。
3:请不要在数据预处理完成前点击分组信息输入界面。若出现表格显示不全的状况,请重新下载数据。
示范例子
以GSE16020芯片为例,研究多形核白细胞中常染色体显性单核细胞减少症的影响。根据病情分为对照组和常染色体显性单核细胞减少症组,对照组12例,常染色体显性单核细胞减少症组8例,不同的RNA提取方法对基因的表达量有影响。
我们希望通过MephasGEO,来寻找差异表达的基因。
请遵照 步骤执行, 程序将会实时性地返回结果